Hết thời hạn 5 năm có được khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định mới?

Việc phát hiện ra sai sót trong hồ sơ kê khai thuế của các kỳ tính thuế đã qua là tình huống rất phổ biến đối với doanh nghiệp và cá nhân. Tuy nhiên, quyền kê khai điều chỉnh của người nộp thuế không kéo dài vô hạn mà bị khống chế bởi mốc thời gian chặt chẽ. Việc thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế đúng thời hiệu giúp người nộp thuế tránh được các rủi ro pháp lý phát sinh cũng như bảo vệ quyền lợi chính đáng khi tính toán nghĩa vụ ngân sách.

Quá thời hạn 5 năm người nộp thuế có được khai bổ sung hồ sơ khai thuế không?

Từ ngày 01/7/2026, quy định về thời hạn điều chỉnh thông tin kê khai thuế có sự điều chỉnh quan trọng mà người nộp thuế bắt buộc phải lưu ý. Căn cứ theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025, người nộp thuế khi phát hiện hồ sơ khai thuế hoặc khoản thu khác đã nộp có sai, sót thì chỉ được thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ của kỳ tính thuế đó. Quy định này áp dụng đối với hai trường hợp cụ thể:

Thực hiện trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
Hồ sơ khai thuế phát hiện sai sót không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế, khoản thu khác đã được ghi trong quyết định thanh tra, kiểm tra.

Trường hợp hồ sơ đã quá thời hạn 05 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế, khoản 8 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định rõ người nộp thuế không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với các sai sót làm tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế được miễn, giảm, hoàn hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ chuyển kỳ sau. Thay vào đó, pháp luật cho phép người nộp thuế gởi hồ sơ giải trình với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để xem xét xử lý.

Giả sử Doanh nghiệp A phát hiện kỳ kê khai thuế giá trị gia tăng tháng 3/2020 (có hạn nộp hồ sơ là ngày 20/04/2020) bị sót hóa đơn đầu ra làm thiếu số thuế phải nộp. Nếu doanh nghiệp phát hiện sai sót này vào tháng 8/2026, thời gian đã vượt quá 05 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ. Lúc này, Doanh nghiệp A không thể nộp tờ khai bổ sung theo phương thức thông thường mà phải lập hồ sơ giải trình để cơ quan thuế rà soát.

Quy trình xử lý hồ sơ giải trình khi không được khai bổ sung quá 5 năm

Khi đã quá thời gian 05 năm, việc giải trình sai sót trong tờ khai được thực hiện theo cơ chế riêng nhằm đảm bảo tính minh bạch và xác định đúng nghĩa vụ tài chính phát sinh. Chi tiết hướng dẫn tại khoản 7 Điều 17 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định trình tự các bước giải trình hồ sơ khai thuế như sau:

Nộp hồ sơ: Người nộp thuế nộp hồ sơ giải trình theo quy định tại điểm 2 Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Các trường hợp thực hiện bao gồm quy định tại khoản 4 và khoản 8 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP.
Phản hồi tiếp nhận: Cơ quan thuế ban hành thông báo tiếp nhận hoặc không tiếp nhận hồ sơ theo hướng dẫn tại khoản 4 Điều 11 Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Thẩm định và ban hành kết quả: Trong thời hạn không quá 05 ngày làm việc kể từ ngày phát thông báo tiếp nhận, cơ quan thuế phải ra quyết định kết quả rà soát.

Phương án xử lý cụ thể của cơ quan quản lý thuế đối với văn bản giải trình được phân định rõ thành hai trường hợp tại bảng sau:

Kết quả rà soát	Hình thức văn bản ban hành	Thủ tục pháp lý tiếp theo
Không chấp nhận	Thông báo Mẫu số 01/TB-GT (Phụ lục V Thông tư 89/2026/TT-BTC)	Nêu rõ lý do không chấp nhận. Người nộp thuế giữ nguyên số liệu đã kê khai trước đó.
Chấp nhận	Thông báo Mẫu số 01/TB-GT (Phụ lục V Thông tư 89/2026/TT-BTC)	Lập biên bản vi phạm hành chính (ngày ban hành thông báo chấp nhận là mốc tính thời hạn lập biên bản). Ra Quyết định xử phạt, Quyết định khắc phục hậu quả hoặc Quyết định thu hồi hoàn thuế (nếu có).

Thủ tục đề nghị gia hạn nộp hồ sơ khai thuế

Bên cạnh việc chủ động giải trình sai sót, trường hợp gặp khó khăn không thể hoàn thành việc kê khai đúng hạn, người nộp thuế có quyền làm thủ tục xin gia hạn. Điều 18 Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết về thủ tục gia hạn nộp hồ sơ khai thuế như sau:

Đối tượng áp dụng: Người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại khoản 4 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025.
Thời gian gia hạn: Áp dụng chuẩn thời gian quy định tại điểm a khoản 4 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025.
Hồ sơ và nơi nhận: Gửi hồ sơ đề nghị gia hạn (theo điểm 3 Phụ lục I ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC) đến cơ quan thuế nơi tiếp nhận hồ sơ khai thuế.
Thời hạn trả kết quả: Trong vòng 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ gia hạn, cơ quan thuế phải phát Thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận theo Mẫu số 01/TB-GHKT Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC. Nếu gửi qua Hệ thống thông tin điện tử theo khoản 2 Điều 8 Thông tư 89/2026/TT-BTC thì kết quả sẽ trả về qua chính hệ thống đó.

Nắm rõ mốc thời gian 05 năm khi khai bổ sung hồ sơ khai thuế giúp các tổ chức, cá nhân chủ động rà soát số liệu kế toán định kỳ, kịp thời điều chỉnh các thiếu sót trước khi quá hạn để tối ưu chi phí và tránh rủi ro bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế.